DNA-onderzoek wijst uit dat het een kruising is tussen cabernet franc en magdeleine noire des charentes.
Merlot is vandaag de dag een van de meest aangeplante blauwe druivenrassen ter wereld. Het speelt een hoofdrol op de rechteroever van Bordeaux, met name in appellaties als Saint-Émilion en Pomerol, en is daarnaast wijdverspreid in Frankrijk, Italië, Spanje en Oost-Europa. Buiten Europa is merlot sterk vertegenwoordigd in Californië, Chili, Washington State, Australië en Nieuw-Zeeland, waar het zowel solo als in blends wordt gebruikt.